北京辉煌灿烂的古代文化，强烈地吸引着青年的马叙伦。红色的宫墙，巍峨的殿宇，壮丽的天安门，描金彩绘的楼台亭阁，丰富的藏书，古代的碑文、字帖、绘画，珍贵的陶器、青铜器、玉器，……，这一切都闪烁着我国劳动人民智慧的光芒，激发着古老文化的气息。马叙伦得以欣赏杰作，借鉴诸家，熏陶渐染，眼界开阔，汲取了极其有益的营养。
一天晚上，马叙伦和汤尔和、邵美子（注1）讨论姚配中翻绞书写法，他颇受启发。于是，从写壁入手，练习腕肘俱悬，指臂齐运。起初，每成一字，浑身汗透，他坚持临摹，即或蝇头小字，也肘腕五指齐运。数年，终于成功地创造了腕肘指臂齐运做书法，达成转运自如，拙媚相生，颇有峰回路转之致。他体会说。“写壁实为无上善法。苟能书壁，则桌上悬肘作书，绝无难矣。”
他特别注重学习历代名家手迹。常和书法家、北大教授沈尹默一起谈论书法。一次马叙伦去拜访，沈尹默将所收藏的晋唐以来历代名家墨迹拿出。马叙伦爱如珍宝，—一仔细鉴赏。看了宋代著名书法家米海岳（注2）及其子米友仁墨迹，很称赞米海岳所书，他说：“海岳直欲凌唐入晋”，而米友仁虽承其父传，但“局促唐人辕下，仍是宋人面目”。
对唐代韦法家褚河南（注3）所书梁公碑，他认为：“乃属晚年”。又说：元代书法家鲜于枢“以雅胜赵松雪”。沈尹默多次插话，讨论得很活跃。
接着，沈尹默出示近年所书屏四幅，说：“我认为这几幅还可保存。”
马叙伦亦为然，并指出，这与米派相比，“盖笔中犹若夹杂也。……他日即以此跨虎儿（即米友仁）而上之。若去此便落虎儿局中，不得出矣。”
沈尹默又把他所临摹的褚河南孟法师房梁公两碑给马叙伦看、马叙伦赞赏说：“正清代所谓三考出身。”又指出不足之处：“作书无论巨细皆悬腕肘，然指未达，故变化少。”
沈尹默微笑着。
马叙伦又评论郑文公金石峪说：“此为指亦运转，而付毫环转铺张，笔心在中，蔡伯喈所谓奇怪生焉者，必由此出也”又对沈尹默说：“此则止能各由其道矣。”
沈尹默还把珍藏的米海岳书元日明窗墨迹影印本赠给马叙伦，马叙伦异常高兴，幽默地说：“自此又得与老颠亲矣。”
从沈尹默家归来后，马叙伦数日反复研究各名家书法，观摩其神韵，悟入愈多。受益最深者为褚河南和米海岳书。他进一步体会到；形似甚易，而得神为难。学书，贵在“神似”，如果“徒袭其形，古人多矣，何必复增一我耶”。所以他作书一贯讲求“神摹”之法，不入某家“牢笼”，出入自由，博采众长，融会贯通，别具一格。
马叙伦的书法，卓然自成一家，既具北派的雄浑、劲健：又有南派的清丽、秀逸，尤以小楷行书为最佳。中年已“为世所推，称为善书”，他自谦说；“自幼好书，垂老得法”用科学方法研究金石书画的鉴赏家邵裴子誉他为“世冠”。时人又称他为“墨妙”，谓似庸人写经。书法家沈尹默说：“石屋作字，颇重意趣”，“姿傍水墨，超逸绳检，但求尽意，乃近世之王绍宗也”。可见其书法艺术造诣之深，堪称一代名家。
解放后，文化界为适应广大书法爱好者的需要，发展我国书法艺术，曾于一九六四年由人民美术出版社影印线装本《马叙伦墨迹选集》，又于一九八五年再版平装本，深受群众欢迎。
马叙伦总结了长期作书的实践经验和体会，写了二十首论书诗，得到邵裴子首肯。后又经过提炼，成为书法界所流传的《论书》二十首：
辗转求书怪尔曹，可曾知得作书劳。
好书臂指须齐运，不是偏将腕举高。
近代书人何子贞，每成一字汗盈盈。
须知控纵凭腰背，腕底千斤笔始精。
曾读闻山执笔歌，安吴南海方先河。
要须指转毫随转，正副齐铺始不颇。
仲虞余事论临池，翻绞双关不我欺。
亦绞亦翻离不得，郑文主峪尽吾师。
柳公笔谏语炎炎，笔正锋中理不兼。
但使万毫齐着力，偏前偏后总无嫌。
笔头开得三分二，此是相传一法门。
若使通开能使转，是生奇怪弄乾坤。
横平竖直是成规，
叟斤斤论魏碑。我谓周金与汉石，何曾平直不如斯。
偏计方圆是俗师，依人皮相最堪嗤。
金针度入真三昧，笔笔方圆信所之。
三字尤应三笔殊，须知莫类算盘珠。
纵教举世无人赏，付与名山亦自娱。
书法原从契法传，奏刀起落断还联。
断处还联联处断，莫轻小字便连绵。
为文结构谨篇章，写字何曾有异常。
布白分间同画理，最难安雅要参评。
意在笔先离纸寸，此须神受语难宣。
无缩不垂垂更缩，藏锋缓急且精研。
北碑南帖莫偏标，拙媚相生品自超。
一语尔曾须谨记，书如成俗虎成猫。
古人书法重临摹，得兔忘蹄是大儒。
赝鼎乱真徒费力，入而不出便为奴。
瘦硬通神是率更，莫轻罗绮褚公精。
承先启后龙藏寺，入手无差晓后生。
名迹而今易睹真，研求莫便自称臣。
避甜避俗须牢记，火候清时自有神。
漫从颜柳度金针，直搏扶摇向上寻。
试看流沙遗简在，真行汉晋妙从心。
六代遗笺今尚存，石工塑匠也知门。
唐朝院手源流远，可惜规规定一尊。
唐后何曾有好书，无章处处苦侵渔。
佳处欲追晋中令，弊端吾与比狂且。
抱残守缺自家封，至死无非作附庸。
家家取得精华后，直上蓬莱第一峰。（注4）
《论书》集中反映了他对书法的精辟见解。
对文房四宝，他也颇有研究，说。“作书不必择笔；亦不可不择笔。笔之佳处婀娜刚健四字尽之。”“墨须现磨。磨墨须时时四面调换，务使保持平整。”墨汁不宜过浓，“过浓，必滞笔矣”。“蘸墨须含墨汁入于笔之全部，即所谓笔头全部通开也”。纸“须质细而坚，墨入而不润，笔过而不留”，“砚则但须坚润质细，不伤笔墨者”。
他称赞朝鲜制的毛笔胜于日本，“毫色如我国紫毫，然细如丝发，柔于狼毫，露出毛管一寸以外，通开及管。而悬肘运指用之，无不如意。”
此外，他还考证古代名画，研究当时“南张北调”的作品等，多方借鉴，兴趣盎然。
京师中央公园举行书画展览，一开幕，他即往观。见陈老莲人物一帧，画一宰相高坐，数名执笔吏侍立两旁，相貌皆奇古，衣冠似日本古装，有葫芦，口上露出人半身，对宰相嬉笑。马叙伦不知何意。回来后，便加以查证，从酉阳杂俎中，知为傀儡戏郭公。
他不仅鉴赏书画本身，还很重视作者的气节。在观赏明朝马、阮画时，他赞同宿迁女子倪瑞璿对此画作者马士英、阮大铖的嘲讽：“卖国仍将身自卖，奸雄两字惜称君。”他说：“卖国者岂有不兼卖身者，抑且光卖身而国从之，国乃其媵器耳。”
在杭州西湖谒岳王庙，见有岳飞满江红石刻，甚感宏壮，词既慷慨。书亦瘦劲可观。但做书者姓名早已被磨去。他认为这是因为书者严嵩为一朝奸臣的缘故。
在马叙伦埋头于教学和书法研究时。国家形势暗暗逆转。辛亥革命的所谓胜利和成功，以及给人们带来的喜悦和暂时的安定，犹如昙花一现，逐渐逝去。出乎人们的意料，黑滚滚的政治暗流，日益泛滥，强烈地袭击着整个北京城。
袁世凯刚任临时大总统时，在表面上，曾承认“临时约法”，但实际上，却在准备复辟帝制。他寻求靠山，向帝国主义银行团大借款、又发兵南下，将军事势力伸展到长江流域和南方各省。接着，通缉孙中山、黄兴，解散国民党、国会，公布“约法增修大纲“，废除“临时约法”。到一九一五年一月公布了大总统选举法，规定：大总统任期十年，并可连任；继任大总统由现任大总统先确定候选名单。实际上，袁世凯已取得与皇帝相等的权力。
八月，袁世凯的顾问美国人古德诺发表《共和与君主论》，鼓吹中国不适于共和，只适合于君主立宪。日本顾问有贺长雄也积极主张中国应改共和为帝制。保皇派严复等发起筹安会，为袁世凯准备即位大典。
马叙伦见辛亥革命果实已渐丢失，帝制即将复辟，烈士的鲜血和人民付出的代价就要付之东流，他极为愤慨和痛惜，每日关心着形势的发展，暗自进行反袁的准备工作。
一天，他在天坛公园，遇见从前在两广方言学堂教过的学生廖容，交谈后，得知廖容曾在惠州担任过军职，现在是总统府顾问。从此，二人建立了联系。廖容经常到马叙伦处请教读书的内容和方法，也一起讨论些国家大事。在马叙伦对廖容有一定了解后，便以师生之情动员廖容讨袁。
他问廖容：“袁世凯要做皇帝了，你怎么办？”
廖答；“回广东去。”
他又问：“光是回广东？”
廖问；“老师想怎么办？”
马叙伦启发说：“你从前的旧部还在嘛，不能起兵讨逆？”
廖答。“可以的。”
马叙伦接着问：“你回去就能召来？”
廖答：“只须三日就召集了。”
马叙伦很诧异。
廖容继续说：“我往各人家里送一名片，我回家的信息就传遍了，他们自会得来的。我穿草鞋，三日便可走遍。”
马叙伦很高兴，又再三叮嘱。
年末，马叙伦收到廖容从广东的来信，请求代拟讨袁“檄文”，马叙伦迅速写完寄去。廖容在香港报纸上发表这一檄文后，便率所部七营兵力，和西南备军一起，踏上征途，支援了云南蔡锷“护国军”的讨袁义举。
马叙伦还设法营救过反袁的猛将章太炎。鲁迅对章太炎曾评价说：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志终不屈挠者，并世亦无第二人。这才是先哲的精神，后生的楷模。”
一九一三年四月，章太炎在东北任筹边使，得悉袁世凯指使歹徒在上海暗杀了同盟会核心人物宋教仁，于是托事南行，欲策动讨袁。及至北京，被袁世凯监押在外城龙泉寺。章太炎大怒，以绝食抗议。
马叙伦得知后，立即写信给政府会议议长，要求帮助疏解，恢复章的自由。信中写道；“太炎学通古今，达中外，不特赤县为冠冕，亦宇内之昆仑也。”“今太炎居于军政执法处，虽非幽囚，然军政执法处非所以处士之地；即太炎不足惜，而士林引以为耻，所系者亦大矣！”“今度天下无为太炎言者，……独思阁下可以言，……是以敢陈其说。阁下辱而听之，即为进一言于袁公，使太炎得以优游日遂，而毋为风雨之所中。”在马叙伦等强烈呼吁下，袁世凯恐章太炎绝食而死，众怒难平，遂通过京师警察总监指使一个中医出面，请章太炎到其家居住。后来又以接章太炎家属来京为词，哄骗章太炎搬到东城钱粮胡同的一所房子软禁起来。马叙伦不避危险，经常去看望，星期日整天陪伴。
事过数月，章太炎见夫人始终未来，而特务一直密布，戒备森严，深晓受骗，再度绝食，除清茶外，概不入口。一位朋友曾暗中将藕粉调人茶内，欲让章太炎喝下，他当即发现，点滴不食。时值寒冬，他又不准升火，以致冻馁交加，奄奄一息，生命垂危。马叙伦得知这一情况后，心急如焚，一清早就由西南城赶到东北城，当面力劝章太炎复食。因屋甚冷，章太炎身裹三床厚被，马叙伦冻得双脚几乎失去知觉，只得一面在屋里走动，一面劝说。章太炎知识渊博，无所不通，寻常语言，难以打动。马叙伦忽而谈孔孟，忽而谈老庄，忽而谈佛说，忽而谈理学。对理学，章太炎始感兴趣，与之对话。但一劝复食，章太炎便说：“全生为上，迫生为下，迫生不如死。”（注5）
马叙伦立即转开话题，二人越谈兴趣越浓，一直到晚八时。马叙伦因势利导，假意告辞。章太炎说：“我快死了，你再多坐一会吧。”
马叙伦回答说：“只是肚子饿得很，要回去吃饭哪。”
章太炎说：“这里也可以吃嘛。”
马叙伦长叹道：“你自己绝食，却叫我在这里吃饭，我怎么吃得下去呢？”（注6）耍求章太炎陪他同吃。章太炎深受感动，始应允。马叙伦成功地挽救了章太炎的生命。
一九一五年下半年，袁世凯宣布自翌年起，改元“洪宪”，准备“登极大典”。马叙伦决心不仕袁世凯，近寒假时，赶在袁世凯登极之前，辞去北大和医专的教职，以示抗议，时人有“挂冠教授”之称，当时北京、上海报纸都特别报道了此事，影响很大。
他离京南归前，对章太炎仍关心备至，求人疏通，改善条件，放松“门禁”。告别时，二人又商讨了倒袁之策，不忘所志。
在北京车站候车时，口占反袁词“烷溪沙”五解：
“铜笛声声断禁烟。别情无语更凄然，不堪回首是离筵。旧事漫劳飞燕说，来时春草碧于天，京城争唱乐尧年。”（注7）
“五色旗飘古象坊（注8），马龙车水忒匆忙，为言军国费平章。遗恨那堪重记取，空间揖让说黄唐，议郎终是怕儿郎。”（注9）
“雉堞深深对故宫，新开双阙对流虹（注10），大狮兀自阅衰隆。（注11）帘影沉沉飞燕隔，微闻细语怨东风，凄凉烟月逗寒栊。”（注12）
“绵蕞诸生功最高（注13），如何胙土后萧曹，君王明圣重初交。仪注春官新奏进，如闻舞蹈异前朝，九重传语属娇烧。”（注14）
“谶语从来数盛周，分明天意那能留（注15），斜阳无语下西楼。把酒高歌歌断续，飘零身世感沧洲，年年春水只流愁。”
嘲讽袁世凯窃取政权复辟帝制的罪恶行径。
马叙伦回到上海后，仍时时怀念被袁世凯监禁的章大炎，极度忧虑，遂以词寄思：
“烛影摇红，帘波卷翠，小庭斜掩黄昏。独倚瑶阑，记曾私语销魂。杨花爱扑行人面，尽霏霏不管人嗔，更蛾眉暗上纱窗，只是窥人。”
“从前不解生愁处，任灞桥初别，小揾啼痕。争道如今，离思乱似春云。银笺欲寄如何寄，纵回文写尽伤春。奈人遥又过天涯，断了鸿鳞。”（注16）
此词表面上写的是男女相思之情，但在词句的后面，却隐隐约约地活现出一个英雄人物的理想与追求。上阙是对情操高尚，不为荣利威势所动的民主战士的精神面貌的生动写照；下阙则把这位战士早年慷慨激烈的革命襟怀和眼下力争跳出牢笼的迫切心情，形象地作了对照。全词是富有艺术魁力的，借描写男女之情抒发时事感慨，既对袁世凯的罪行深表不满，又对章太炎的气节大加赞赏。
马叙伦为此词加了词题“五年（一九一六）春暮为京师故人作”、但他还怕别人读后“不知所谓”，又在抗日战争前出版的《读书续记》中作了自往，然后概述了此词全阀的内容：
“太炎自东三省筹边使归京，项城惧其文字足以动摇当世，即见幽囚龙泉寺。嗣得释居钱粮胡同。然后有逻警，近侍亦多侦者。上半阙正写其事也。”
解说的下阔内容为：
“太炎自清季系遭名捕，然窥其意，殊无耿介。及居龙泉寺钱粮胡同，三次绝粒。项城欲称帝，防之愈甚，不使与外人通音问。余与往返幽利，皆辗转以达。下半鹏即赋此意。”
在上海，马叙伦生活非常困难，先依朋友接济的三百元，后靠卖书和典当衣物度日。他舍爱卖掉明初版《洪武正韵》和谭献过校的《意林》两部书，只得了十六块“大洋”，还不足付一个月的房费，又把在北京时穿的几件皮衣连箱子当了八十元。一贫如洗，度日惟艰，但他宿志不移。后来，浙江省宣布独立，脱离袁世凯政府。马叙伦经友人介绍，回杭州做了浙江省财政厅长秘书。
一九一六年三月二十二日，袁世凯在全国人民同声共讨之下，被迫撤消帝制，六月五日忧急身死。马叙伦写了《夜飞鸽》一首：
晴窗睡初稳，欢梦刚浓，佳境渐到巫峰。蜂媒蝶使殷勤说，西家曾见朦胧。相推又还俯首，任锦裆乍褪，绮带轻松。心头颤乱，恐鸾衾飞落余红。何事骤来山雨，惊破觅无踪。何处重逢？空惹恢恢春病，琼篝麝尽，宝瑟尘封。向谁行诉，只斜阳冉冉怜侬。最销魂，高树初蝉乱咽，恨锁齐宫。（注17）
对袁世凯做了尖刻的揭露和辛辣的嘲讽。