一九三一年一月，马叙伦应邀第四次到北京大学任教。讲授中国文字学、老庄哲学以及周程理学。教学之暇，继续从事中断了几次的《说文解字六书疏证》撰著工作。他感到，红楼依旧，时光流逝，所以，更加勤奋，争分夺秒地备课、教学、搜集查阅资料、考证、著述，参加学术活动。……
中国哲学会年会在北平召开。马叙伦应邀出席。会上，胡适演讲清代程绵庄的学说，指出此学说的根据是“有天地然后有万物，有万物然后有男女，有男女然后有夫妇，有夫妇然后有父子……”，之后就证明程先生是颜李弟子，是个实用派，表彰程绵庄的学说有创造性，接着又批评了周敦颐、程颢、程颐等。
程绵庄及其学说，很少有人研究，甚至连晓得名字的也不多，胡适又是著名学者，所以在讨论中无人发言。
马叙伦对学术问题历来严肃认真，主张依据充分，考证准确。对胡适这种没有经过认真研究而作的一般性演讲，让大家讨论，感到不够合适，尤其对胡适无根据地褒贬各家学说，更不满意。于是，爽直地提出：“程绵庄的学说在周程学说里已包含着，周程的学说也不是完全不讲实用的。”语言虽少，分量颇重。胡适无言回答。与会者极为赞赏和重视。
正当马叙伦埋头于教学和学术研究时，“九一八”事变发生，日本帝国主义发动了侵略我国的战争。在蒋介石的不抵抗命令下，驻沈阳的东北军撤入关内。日军在不到一周内侵占了辽、吉两省大片土地。一九三二年初，锦州沦陷，东北大好河山落入敌手。日军控制东北后，节节进逼热河，长城告急，北平大震。
马叙伦痛感河山破碎，国事陵替，不能再以全部精力投入教学和学术研究工作了，他怀着对国民党政府的强烈不满，写了许多悲愤的诗篇。一九三三年，热河失守，敌机常常侵入北平，但是妥协派官员们仍纸醉金迷，歌舞升平，井顽固坚持反人民的内战。马叙伦痛心疾首，
写有：
“可怜歌舞弃金城，
边月仍圆岁月更。
我自年年歌当哭，
旁人错认绕梁声。”（注1）
一九三四年除夕，一些上层人物为庆贺新年，彻夜歌舞，爆竹不绝。马叙伦思念国家命运，忧虑北乎将被日军践踏，他在诗中写到：
“病起思清睡，连绵爆竹声。
久忘求利市，误喜复名城。
蒿目当末日，伤心此旧京。
会看歌舞地，荆棘欲纵横。”（注2）
他还利用和学生接触的机会，以明代抗击倭寇的名将俞大猷、戚继光的事迹，培育和激励学生的爱国思想和热情。
此时，他体弱多病，需要家人照料，但仍将全家老小送回杭州，以备日军一旦侵入华北，能去掉后顾之忧，集中力量从事抗日活动。
日本帝国主义侵略气焰日加嚣张，一九三五年，加紧向华北扩张，阴谋变华北为“第二个东北”，国民党政府屈膝于日本的军事压力，签订了《何梅协定》，冀东各县被强制划为非武装区。日军得寸进尺，荷枪实弹，在平、津各地横冲直撞，坦克纵横街衢，飞机任意低空侦察，中国人民的生命财产受到严重威胁，爱国人士和进步青年遭受种种迫害，华北危在旦夕。马叙伦忧心忡仲，异常苦闷。
这时，秘密传来了共产党领导的中国工农红军北上抗日的消息，他感到抗日有望。不久，中国共产党发表《八一宣言》，号召：“无论各党派间在过去和现在有任何政见和利害的不同，无论各界同胞间有任何意见上或利益上的差异，无论各军队间过去和现在有任何敌对行动，大家都应有‘兄弟阋于墙，外御其海’的真诚觉悟，首先大家都应当停止内战，以便集中一切国力去为抗日救国的神圣事业而奋斗”。这一宣言，迅速传遍全国各地，在人民中发生了深刻的影响。马叙伦读到秘密传来的《宣言》后，犹如在难明的长夜里看到了曙光，他非常兴奋，热烈拥护。
此时，北平地下党组织，发动群众，响应“八一”宣言。在教育界，由杨秀峰等同志出面与进步教授商议举行游行示威，以警奸邪，挽救危局，并做了分工。许德珩、马叙伦、尚仲衣三位教授负责联系北京大学师生。
当时北大斗争的焦点集中在抵抗还是投降这个关键性问题上。以胡适为代表的少数人，主张不抵抗。他不仅在师生中散布，而且还公开发表文章，鼓吹：“没有自守自卫的能力，妄想打倒什么，抵抗什么，都是纸上的空谈，甚至于连屈辱求和都不配。”（注3）引诱师生不问国事，埋头教学和读书。当时有一定的迷惑性，影响较大。
马叙伦在教师和学生中积极活动，主张教书不忘革命，读书不忘救国，力主抗战。对促进师生树立抗日思想，参加抗日救国活动起了积极作用。后来，他曾回忆说：“尤其象我一辈的人们，从前怎样慷慨激昂伴生命来革命的，自然更受不住‘声求气应’，又有了结合。”
南京国民党政府对共产党的呼吁置若罔闻，和人民的愿望背道而驰，在十二月初，为迎合日本提出的“华北政权特殊化”的要求，派何应钦到北平，安排成立冀察政务委员会。亡国的阴云笼罩着整个华北。
十二月九日，北平爱国学生万余人，在中国共产党领导下，举行了声势浩大的请愿示威，反对所谓的华北防共自治运动，要求保障地方领土安全，停止一切内战，公开宣布中日交涉经过等。浩浩荡荡的队伍沿街高呼：“反对华北自治！”“打倒日本帝国主义！”等口号，高唱着；“枪口对外，齐步前进！……我们是铁的队伍，我们是铁的心，维护中华民族，永做自由人！”受到人民的同情和支持。当队伍到达东长安街时，大批军警手持大刀、木棍、水龙袭击学生队伍，勇敢的学生们和军警展开了激烈的搏斗，一百多名学生受伤，三十多人被捕。
翌日，北京大学党组织，召集全校同学大会，成立学生会，同时通过决议：一、宣布总罢课，发表罢课宣言；二、反对成立“冀察政务委员会”，联合世界上以平等待我之民族，共同消灭日本帝国主义；三、加紧宣传，成立救亡宣传委员会。
在罢课期间，胡适在《独立评论》上抛出了《告北平各大学同学书》，书中说：“希望诸位同学即日复课，勿再虚掷光阴，报国之事任重而道远，青年人切不可为一时冲动所误而忽略了将来的准备。”散布埋头读书，不问国事的论调。
马叙伦更加紧了抗日救国的宣传和在师生中的活动。
这时的北大，已不同于“五四”时代了。校长是国民党政府任命的，自然遵承政府旨意；文学院长胡适是依仗政府势力的，必然替蒋介石兜售不抵抗主义；法学院院长周炳麟是国民党党员，做过教育次长，不免也得替政府说话。但是，在教授中，因有爱国传统，主张抗日的仍占多数。一天晚上，教授俱乐部举行聚餐会，餐后讨论抗日问题，按惯例，高级职员餐毕应该退出，但这些人却在当局拉拢布置下，充数不动。会议开始，马叙伦首先发言，他说：国家民族已到生死存亡最后关头，国共两党应该联合起来，共同抗日，北大教授在这个问题上，应该表明态度。得到了许德珩、张申府、尚仲衣等进步教授的赞成。陶希圣（注4）则含混其词地说了些令人捉摸不清的话。接着胡适发言，婉转地说明：国家大事应该由政府会主持，北大教授不必另作主张。马叙伦等极力反对，严词驳斥。正义呼声一时压倒会场。会议主席周炳麟见势不利，而又无计可施，于是以其主持会议的权力，强硬压制马叙伦等发言，更遭反对，后竟越出会议范围，拿出国民党的权势压人。马叙伦毫不让步，猛烈回击，言之凿凿。会议无结果而散。
过了几日，又是聚餐，再讨论抗日问题，主席依然不变。会议开始，马叙伦和张忠黻教授展开辩论。这时，一位兼总务长的教授，酒气熏人，插进来为政府派捧场，说：要为政府设想，要对群众负责，不要跟着乱喊作战，不要“把事情看得太容易了”等等，遭到马叙伦严厉批驳。最后，会议主席按预谋计划拿出一张已拟好的《对日外交意见书》，向大家宣读。内容都是报刊上常见的人云亦云，避实就虚的一套，没有一条接触抗战实际问题的。然后，主席宣布：“政府有命令叫各大学校长、教授、学生各推代表入京陈述对日问题意见；蒋校长事甚忙，不得分身，已请胡适之先生代表入京，我们教授也可以请胡先生做代表，把这些条件带了去。”马叙伦再也按捺不住内心的愤慨，马上反驳说：“我们大学教授的身分，对于国事的主张，不能抬人‘牙慧’，这些条件，说的人也多了，何必让我们大学教授再来重说一遍？况且胡先生既做了校长代表，校长是政府任命的，我们教授如果认为该派代表，也得另举，决不可以叫胡先生兼代。”引起与会人员激烈争论。但因胡适等政府派早有布置，争论无效，马叙伦愤然离席说：“要这么办，我就退出！”
之后，马叙伦不顾病痛，怀着高度的爱国热忱，冒着解聘和坐牢的风险，辛苦奔波于抗日工作。他在法商学院院长白鹏飞的全力支持与合作下，密切联系教育、文化、新闻等各界抗日爱国人士，积极酝酿成立救国会。终于在一九三六年一月二十七日，假北平大学法商学院礼堂，举行了北平文化界抗日救国会成立大会。马叙伦代表主席团报告了文化界抗日救国会的宗旨和成立的意义，白鹏飞报告筹备经过。经大会讨论，通过了会章，选出了马叙伦、白鹏飞、张申府、许德珩、李达、陈豹隐、崔敬白等二十一人为干事，马叙伦为主席，白鹏飞为副主席。发表了由马叙伦等一百四十九人署名的长篇宣言，其中指出：
“……‘九一八’以来，丧失了东三省，断送了热河，民众在‘一面交涉，一面抵抗’的国策下，忍气吞声地等待了三、四年，以为政府应该收复失地，保守疆土，奈何东北四省领土未曾收复一寸，整个的华北又将拱手让人了。冀察政务委员会成立以后，冀东的伪组织反而扩大，由外力策动建立了名存实亡的华北政权，……
事实告诉我们，除了我们等候着做顺民以外，只有起来抵抗，是民族的生路，也是我们的责任，抵抗是敌人所最怕的……
北平文化界救国会，是下了牺牲的决心，任何压迫，无所畏惧。我们希望：全国文化界人士火速起来，促进全国民众的抗敌救亡运动，不要偷安退缩准备作亡国奴才。华北的民众，全国的民众，起来，赶快起来！抵抗敌人的侵略，挽救我们的国家，收复我们的失地，争取我们的自由！”（注5）北平文化界救国会的成立，使华北的抗日爱国人民受到很大鼓舞，抗日爱国活动更加广泛开展。
一月二十九日，马叙伦、白鹏飞、张申府等应邀出席了北平学联召开的纪念上海“一二八”抗战四周年大会。马叙伦即席演说，慷慨陈词，表示：现在国家危急，十倍于昔。个人虽然老朽，誓愿和同学们共赴国难。会后，北京文化界救国会与北平学联共同发起组织“华北民众救国联合会”，得到广大爱国群众热烈响应。一月三十日，在燕京大学举行成立大会，马叙伦仍被选为主席。
这时，北平各大、中学校爱国学生，纷纷组织民族解放先锋队等抗日组织，经常集会进行抗日民主活动，邀请抗日爱国者演说。因马叙伦是位颇有影响的爱国者和著名的教授，所以经常受到邀请。他不畏特务的监视和恫吓，栉风沐雨，奔走疾呼，宣传抗日主张。他在家里也十分繁忙，爱国青年和抗日民主人士经常前来共商国事，有时通宵达旦。
这年“五四”前夕，北平学联议决各校分别举行纪念“五四”活动，北京大学纪念大会准备在二院大讲堂召开。反动政府对此极端恐惧和仇视，在会前，将北平市内各主要街道，均加岗警，戒备森严；又令军警将北大一院、二院、三院分隔包围，严禁出入，而且将大讲堂的椅凳全部拿空。但八百多名爱国学生冲破封锁，勇敢奔入会场，站立开会。马叙伦到会慷慨陈词：“五四运动距今已十七周年，值得吾人纪念者，唯其伟大之精神——‘解放’运动。彼次运动之所以成功，以其能于黑暗中刻苦奋斗。今日环境之险恶，尤百倍于昔，各人须具更大之坚决信念，光大五四精神。伟大运动绝非高度压迫所能消灭者也。”（注6）与会学生聚精会神，无比激愤。他又热切地勉励学生：“必须走社会主义道路，以救中国。”（注7）当时，已是夜晚，风雨交加，讲堂外军警环伺，但马叙伦毫无惧色，正义秉言，来听讲的学生源源不断。他感慨万分，会后赋诗为念：
“自影磋跄已老身，
放言犹动少年人。
贾生初出先忧汉，
鲁子终身不帝秦。
寒云密密覆新晴，
不饮还如困宿醒。
旧曲偶弹魂欲断，
更来风雨乱弦声。”（注8）
不久，他终因劳累过度，病倒于床，胡适包藏祸心，乘机逼迫马叙伦辞职。按北京大学惯例：教授工作满五年，可以休息半年，得支全薪，假满照常工作；如果休息一年，则支半薪，期满需重新聘请。马叙伦工作已满五年，因身体不佳，提出休假半年。胡适之流在马叙伦卧病不能参加评议会的情况下，捏造“马先生请假一年”之说，提到会上议决，得逞。马叙伦获此消息后，直接向校长蒋梦麟提出质问。蒋梦麟只说：“仍送一年的薪水好了。”马叙伦已解其意，非常气愤，立即提出辞职书。
消息传出，北大学生纷纷向学校当局提出质问，要求挽留。北京各校学生会也来请马叙伦打消辞意。但是，马叙伦辞意已决，—一致谢说：“谢谢你们，不必了，我向来‘言出事随’，挽留也不留的。”
在舆论压力下，蒋梦麟校长退回辞职书，亲自向他道歉，并再三送来聘书。但马叙伦坚意离去，回到杭州。
注1 《文物天地》，1982年第6期，第25页。
注2 马叙伦家属存稿。
注3 《大公报》，1935年11月17日。
注4 陶希圣：汪精卫派。
注5 摘引自《近代史研究》，1985年第2期，第15、16页。
注6 《世界日报为，i936年5月5日。
注7 马叙伦手迹，马龙翔存。
注8 《马叙伦诗词选》，第66页。诗中，贾生。指西汉杰出政论家。文学家贾谊，他说：“自古至于今，与民为仇者，有迟有速而民必胜之。”鲁子：即鲁仲连，战国时齐人，著名辩士，善于计谋划策，常周游各国排难解纷，但不愿作官。