早在一九四五年人月，蒋介石三次电邀中国共产党毛泽东主席赴重庆谈判。毛泽东等中共代表于二十八日抵重庆。谈判历时四十三天。在中国共产党代表的不懈努力和斗争下，蒋介石被迫签订了《双十协定》，在纸面上同意了中国共产党提出的“和平建国的基本方针”和召开政治协商会议，讨论和平方案及各项重要问题。但会后，国民党军队更加猖狂地向解放区进攻，遭到解放区军民的痛击；统治区人民的反内战运动也在不断高涨。蒋介石迫于军事上的失败，政治上的压力，不得不有所收敛。一九四六年一月，勉强同意召开《双十协定》中规定的政治协商会议。
马叙伦分析形势，清醒地看到这是蒋介石的故伎，并无解决国事争端的诚意，必须揭露。但同时要利用会议同国民党进行斗争，尽可能使会议取得积极成果。一月十二日，他在《民主》第十四期上发表《写在政治协商会议开幕之前》一文，尖锐指出，这次会议不过是由于蒋介石的需要，其目的是“要这个机构做他的猫脚爪，借此叫中共放下武器，和赶快召集原有的国民大会，来替他捧场，再借宪政的招牌保持一党专政的实权，仍就是挂羊头卖狗肉”。接着指出：“我们必须把政治协商会议的地位变客人做主人。把它的性质也变做最高治权行施机构”，会议的任务“就是要提出索政（即国民党立即撤销训政，还政于民）的鲜明旗帜并即组织全民政府”，“同时宣布中华民国主权属于全体人民，全国人民享有身体、居住、信仰、思想、言论、出版、通信、集会、结社等的基本自由。”如果这两件事不能在开始办到，那么会议应该“立刻停止”，“使全国更明了国民党无还政的诚意”。他最后告诫国民党政府：如果你们不尊重民意，一意孤行，我们人民就要罢课，罢市，罢工，罢税，进行反抗，“这就是我们的武器”。
政治协商会议开幕后，马叙伦继续在报刊杂志上发表《政治协商会议的大礁是什么？》（注1）逐条批驳蒋介石在政治协商会议开幕时，再次抛出的三条方针。指出，其一所谓的“军令政令的统一”，是用以达到“内战可以正式开幕”的借口；其二所谓的“召集十年前选出的国民大会代表来开国民大会，实施宪政”，实际是“国民党赖着不肯还政于民”，因为十年前选出的国大代表，“国民党即占多数，其余很多也属于政府的”“自然可保护国民党一党专政的生命”，其三所谓“容纳各党各派的人才到政府里”，更道出“政府目前是国民党的专利品”，“与共产党在国共协议时提出联合政府观点来说，＿真是风马牛不相及的”。进而又尖锐指出，蒋介石所提出的既然“为方针。便有不可改移的意思，那末协商些什么？”他呼吁民主战线的斗士，战胜“大礁”，“务须高中头名”，“不能争取民主，我们的儿孙都要没饭吃！”接着，又和民进理事共十一人联名发表了《中国民主促进会给政治协商会议建议书》（注2）再次呼吁“解决一党专政，奠定民主政治，捩转整个中华民国历史”，具体提出。组织举国一致的民主政府；政治协商会议代行正式最高权利机构的职权；原有国民大会代表应宣布无效，重行选举；绝对保障人民自由；修改五五宪草，各党党费应由各党自行负担；发展民主化的经济等七项要求。同时揭露蒋介石在会议中耍弄的花招，鼓励参加会议的其他党派团体和无党派爱国人士坚持原则，团结战斗，争取会议的成功。
在中国共产党和其他民主党派爱国人士的坚决斗争下，蒋介石被迫在会上应诺给人民自由权利，党派合法平等，推行地方自治，实行普选和释放政治犯，并签署了几个有利于民主和平的决议，会议取得了一定的成果。一月三十一日，政治协商会议闭幕，马叙伦立即发表文章，对会议作了恰如其分的评价，指出会议“虽说有了成果，但是和我们的希望距离还远”，同时提醒全国人民。目前“民主基础人权的自由还是不曾兑现，特务不断表示他们工作的紧张，我们不能不怀疑到国民党还有什么法宝作最后挣扎”，因此民主运动的责任“不但不曾解除，而且加重了。。在尖锐指出，现在人民“需要的不是……会议记录上的文字，而是各种决议案的实现”，警告国民党当局要“悬崖勒马”，要拿出实际行动“把这次在政治协商会议里宣布的和会议决议的不要拖延、不要折扣，爽快地实现出来。”（注3）并呼吁全国人民监督国民党不折不扣地执行诺言和决议。
蒋介石恰恰同人民愿望相反，政协决议墨迹未干，二月十日，在国民党政府的所在地重庆。就发生了国民党特务殴打庆祝政协会议成功的爱国民主人士和群众的“较场口惨案”。（注4）马叙伦怒火方丈，写了《重庆有我们的中央政府吗？》（注5）、《对于较场口惨案再说几句》（注6）等文章。严厉谴责国民党政府的反动暴行。他还领导民进联合民主建国会，民主同盟上海支盟、救国会上海分会，和上海文化教育界著名人士四十多人紧急集会，决定通电全国慰问受伤诸公，并强烈要求国民党政府严惩凶手。
三月一日，国民党召开二中全会，蒋介石公然宣称对政协决议要“就其荦荦大端，妥筹补救”。针对这一严重情况，马叙伦连续发表了《写在国民党二中全会的期内》（注7）和《当前一个严重问题》（注8）等文章，指出这是国民党中的右派要使全国人民“再流一次政治血”，深刻揭露国民党要破坏政协决议的阴谋。
三月十三日上午九时许，马叙伦正在分析国民党二中全会近况，起草批判文稿时，；前上海副市长吴雨声突然登门来访，送来一份请柬，并说。“蒋主席昨日到沪，令日设茶会招待上海父老，请届时光临。”
马叙伦素秉正义，刚直不阿，遂托辞说：“我对于这样的盛会，向来不常到的……，我做过国务员、政务员，但除了职务上的关系参加的，也不过三、四次，因为我终是山林糜鹿之性，渔樵问答倒很自然，一到庙堂酬酢，遇到要肃然起敬，便觉鹤立鸡群……，如果亦步亦趋，失去了我的本相，所以不如不参加，好在这种盛会里少我一个不要紧。假使我去，我这张老鸦似的直嘴，说错了话倒不好看。”
吴雨声再三相劝说：“还是和主席见见面吧。”他走后，下午三时又派车来接。马叙伦抱定，即必去，就直言不讳，当面促蒋介石还政于民。他迅速拟好十条意见的发言提纲，装在衣袋里。他到会时，巳宾客满堂。不一会，有人报告：“主席将要到了！”大家立刻肃然起立。马叙伦很诧异，明明报告的是主席将要到，并未到，为何如此“足恭”？马叙伦安坐未动。他想。历史上元首慰问父老，不是御驾亲临，就是遣使代表，就是玺书下降，蒲轮相迎，礼以上宾，馆之客邸，进见之日，降座迎握，没有鹄立候驾的艾老。民国的礼节，自然应该和君主时代不同，设会相招，倒也无损宾礼，可是客到而主人不在。主人将要到而未到，以父老资格来的，反鸽立相待……。
大家木立约五分钟，蒋介石仍未到会，只好又一齐落座。
马叙伦对这种名不符实的举动，甚为不满：主席是国家的元首，民国的元首，是听命于国民而为国民服务的，所以有公仆的名称。况且蒋主席是来招待父老的，正应敬重父老。
过两、三分钟。又报告：“主席到了。”蒋介石含笑而入，见一个人握一次手，口里还不断地“懊，嗅……”，遇到认识的，说一声：“好久不见你”，或者说：“你康健”，然后离去。
又过一会，有人来请大家到食堂指定的位置入坐。蒋介石到此后，又是一番起立。才坐下共进茶点。席间，蒋介石致了几句慰问词，一位父老致了答词。接着，宋美龄以英语说了些与蒋介石的唱和词。蒋介石才说：“大家随便谈谈。”马叙伦稍作酝酿，还未来得及掏出提纲，蒋介石就又说：“请随便坐了。”表示送客，大家就此告别。
马叙伦对这种妒谏拒医，徒具形式的慰老会甚为愤感。回来后，他把发言提纲以《蒋先生要听这样的话》为题发表在《民主》上，公布于众，文中指出；“就四项诺言来说，释放的政治犯抵不过在宣布四项诺言以后被捕被杀的多……，其它言论、出版（集会、结社自由等也是一手掩不尽天下人的眼睛。”要求蒋介石树立一个“信”字，履行在政治协商会议开幕时宣布的“四项诺言”和国民党代表签定的“五大决议案”，还政于民，实现民主。
三月十七日，马叙伦又在民进第四次会员大会上作工作纲要报告时指出：“此次政治协商会议通过的各案，是这一时期中必须实行的具体方案。故本会应以促成政协决议案之完全彻底实现为首要任务。”（注9）号召全体会员，密切注视国民党政府兑现政治协商会议的决议案。
马叙伦在领导民进与国民党当局围绕政治协商会议进行斗争的同时，还积极参加上海各界的爱国民主运动。
二月一日，他参加了上海大中学生声援南京临时大学被捕同学大会，发表演讲。支持学生的正义运动。
三月九日，马叙伦又应邀参加上海临时大学学生联欢会，发表《东北问题之我见》的演说，指出所谓东北问题，乃是中国政治制度不民主的产物。。
三月十九日，江苏发生“南通惨案”，国民党特务和军警暗杀、逮捕要求和平民主的群众。上海各界组成“南通惨案后援会”，发表宣言。举行报告会等，揭露国民党罪行，支援南通人民的斗争。四月十一日下午，在上海威海卫路中国文化投资公司招待各界，报告南通惨案详情。马叙伦、周建人、许广平、章乃器、赵丹、顾而己及《文汇报》、《时代日报》记者等出席了大会。马叙伦在演讲中激动地说：“五四运动时，北洋军阀政府镇压群众，北京城内一片白色恐怖，有些人纷纷南下，我当时就一直坚持在北方和反动军阀作斗争。”接着。又说。“较场口的事件也许将在上海演出，现在新的特务机构已组成。不久也许各地要举行讨论上海事件了。但我不怕，我今天在这里讲话就准备会后出不了大门的，要斗争就不怕流血牺牲。”这种大无畏的革命精神，受到在场群众的敬佩。
四月十七日，马叙伦主持民进理事会第二十次会议，决定电唁“四·八”遇难的王若飞、秦邦宪、叶挺、邓发等烈士。他还发表了《四贤哀词》（注10），沉痛悼念，曰；
“余于四贤，一无相识，发于公义，遂有此词。黑荼之山，云何为而忽垂，雾何为而弥漫，致大鹏以折翼，并乘者以俱殚；岂天妒之偶逢，抑人事之未安。荣荦四贤，木之松柏，草之惠兰；或佩剑而致果，或路敌于笔端；誉巳驰于遐迩，功可勒于敦盘。惟抗战之八年，既免国于艰难，可释甲以归田，或放情而盘桓。乃外侮之初弭，又箕豆以相残，幸民倦于私斗，悟惟兵之不祥；斥
尤之好战，促言好于一堂；既相握以鸣欢，陈百政而协商；一旦告成，举国如狂；谓旧污之可涤，谓归政之有望。信誓昭其旦旦，同约法于三章。迫民主之多阨，竟寒盟而阋墙。荦荦四贤，既奔既走，乃助乃襄；思挥戈以回日，欲固国如金汤；忽天象之不测，凌长空以飞
，遂抵触于不周，贻永恨于茫茫；奔国人以惊告，咸反袂而共伤。惟灵爽之不厌。升青冥而为列晶，耿在上而勿灭，为行海之长庚。进吾德而竭力，率余侪以其盟，遏攘国之诡谲，遇风雨而厉鸣，誓微躯以护国，喜众志之成城；拨祲氛于旦暮，歌八风之惟平。陈此心声，伴以太羹。”讴歌四烈士为民主奔走的功德，寄以无限的哀思。在这段时间里，上海国民党当局面对日益高涨的民主声浪，加紧拼凑参议会，借以装璜他们的假民主招牌。鉴于马叙伦在社会上颇有影响，欲拉拢为参议员。市长亲自出面写信给他，请开具履历，呈候国民党中央政府圈定。马叙伦洞其本质，蔑然处之，他说：“参议会当然是民意机构，参议会参议员无疑地应该由人民直接选出来，方能代表真正的民意……，我是不愿做钦点的参议会参议员……这样的参议会，根本是政府的外围，代他伪造民意的机构。”于是，他果断地托故推辞掉，也未寄履历。不久，他又针对上海国民党当局宣布进行有条件限制的上海参议会议员选举，多次发表文章，戳穿国民党政府假面具。在《反对不民主的参议会》（注11）一文中，解剖了参议会的组织条例和选举条例，戳穿其民主是“徒拥虚名”，参议会是“替政府做工具”的，表示坚决反对这种选举。在《应该由人民来打开这个混乱的局面》、（注12）《国民党反民主的证实》（注13）和《民主是不是真理》（注14）等文中，进一步阐述了民主政治的重要性，批驳了反民主的种种谬论，指出，不实行民主“用武力解决共产党，用特务压制青年和文化人”，“是自掘坟墓”，“因为曙光已见了，一切的黑影不能容留了。”（注15）
在这些实际斗争中，马叙伦深切体会到，面对窃有国家政权的强大敌人，分散的民主力量有联合起来共同斗争的必要。一九四六年二月，他和民进组织针对必须监督国民党政府全部彻底实现政协决议案的问题，向中华职业教育社、救国会上海分会、民主同盟、民主建国会等六个党派团体，提出了要在上海“发起民主同盟式的联合组织，以推动实现民主政治”。（注16）这一建议得到各民主党派、团体和广大爱国民主人士的赞同，更得到中国共产党上海地下党组织的鼓励和支持。之后，他积极地为实现上海各爱国民主力量的联合而奔走。
经酝酿，二月二十八日，二十三个民主团体的代表在上海中国科学社举朽会议，决议成立上海民主运动团体联合会筹备委员会，推举马叙伦等十三人为筹备委员会委员。公推马叙伦为召集人。他在会后进行了大量的工作。
五月五日，在中共中央上海局的直接领导和组织下民进等五十二个社会团体（注17），代表四十万群众，在上海南京路劝工大楼礼堂举行成立大会。会议异常隆重，有二百多位代表参加。马叙伦为大会主席团成员，并主持会议。在致词中，他说：目前国家情况非常危险，抗战虽已胜利，但建国事业尚在千端万绪之中。举国所要求的是团结民主，最重要的是赶快把内战停下来。这次政治协商会议的决议既为全国人民所一致赞成，应该希望它马上实现起来。为了担负这个责任，所以才成立本会。希望大家能发挥力量，对国家有所贡献。他的发言，得到了与会代表的热烈拥护。
大会还通过了《上海人民团体联合会章程》，以及上海人民团体联合会（简称人团联）成立宣言和致国共双方呼吁和平、反对内战的电函；通过了关于制止东北流血事件，组建人民自由保障会等六项提案。马叙伦在这次会议上被选为理事。后在“人团联”第一次理事会上，又被选为常务理事。
“人团联”的诞生标志着上海各界爱国民主力量进入了大联合、大团结的新阶段。
对此，国民党反动派极端害怕和仇视，公然宣布从六月一日起实行“警管区制”，规定警察可以在分管的范围内自由闯入民室、商店，随意查看。连人民最起码的居住自由也被剥夺了。上海警察局长宣铁吾、副局长俞叔平等竟为这种法西斯暴行公开辩护。马叙伦义愤填膺，指名道姓予以痛斥。
他在《民主》上发表《关于警员警管区制》（注18）、《警员警管区制到底是怎么一回事》（注19）等文，指出：“警管制”不是“俾宵小无法匿迹”，而是“用法西斯手段来钳制民主运动分子”。他说，想用这种办法来消灭当今世界最澎湃的民主潮流，只能是“白费心思一场空”。
马叙伦的这些言论、文章鞭辟入里，气势磅礡，发出烈火般的憎恨和愤怒，如同把把利剑刺向黑暗和浊流，与人民群众的心声产生强烈的共鸣，激励着千百万群众向着和乎、民主、团结的目标共同奋斗。他在我党领导的新民主主义革命的第二条战线上成为一员重要战将。