全面内战爆发的头半年，国民党集团在军事上处于暂时的优势和进攻地位。于是，在一九四六年十一月十五日至十二月二十五日，紧锣密鼓演出了召开伪国大，制定伪宪法的丑剧，把独裁“合法化”，出卖国家与人民利益“合法化”，加深了黑暗统治。同时，对国民党统治区的社会人士加紧威胁利诱。在此情况下，上层人士中少数无耻政客，参加了伪国大，投靠了蒋介石。马叙伦认为，尽管黑云压城，但革命前途是光明的。他写诗赠给千家驹，诗曰：
爆竹惊残岁，金尊绕百忧，平生唯白发，检点尚清流，
兵火粘天急，饥寒迎地愁，长歌先斫地，更上一层楼。
岂有形天志，能无百姓情，独夫犹肆虐，举国欲同盟，
血浪将漂杵，哀声是胜兵，吾济须努力，前路日光明。
表达了他对蒋介石集团的无比愤恨，和对革命前途的乐观精神，用以相互激励，为光明的未来而奋斗。
一九四六年初冬，华夏书店经理韩近庸在家设宴欢送将出国访苏的茅盾。（即沈雁冰）夫妇。马叙伦和郭沫若等应邀作陪。宴会中，大家谈笑风生，亲切和谐，在谈到当时的政局时，马叙伦认为，内战已不可避免，斗争是艰巨的，广大人民的力量是不可估量的，最后胜利是肯定的。还勉励在座的民进同志要认清形势，坚定信心，勇敢积极地投入战斗。
席间，他即兴赋诗二首赠茅盾，诗云：
“世有桃源君且去，留予反袂泣郊原。
明年海燕重来日，此地桃花应满园。
凭君妙笔吐莲花，天下从今是一家。
送别江浔唯一语，借他金鉴照中华。”（注1）。
他预期中国不久将是“桃花满园”，热切盼望运用苏联的“金鉴”振兴中华。
当时中国共产党领导的解放区，多处于农村，由于蒋介石集团的严重封锁，布匹、医药、工业品等极端缺乏，给军需民用带来了很大困难。马叙伦领导民进，派会员冒着危险，将急需物质秘密运到山东解放区。行前他当面叮嘱说：“这是以物资支援解放区的政治任务，要谨慎从事，千万不可大意。”
他胸怀必胜信念，公开参加反美蒋的群众斗争。
一九四七年一月二十八日，上海各界三千多人在八仙桥青年会举行“一二八”十五周年纪念大会。马叙伦出席了会议，并被推选为大会主席团成员。他和许广平等在会上发表了演说，指出，纪念“一二八”必须将人民和人民武力结合起来，争取民族独立、自由和人民幸福，要反对内战，争取和平，要反对帝国主义干涉，保卫国家。
大会通过了《告国人书》，呼吁开展爱国团结运动，要求美国迅速改变对华政策与撤退全部驻华美军以及军事机构；要求国民党政府抛弃依赖外力政策，实现四项诺言。
马叙伦还撰文，从广州七十二烈士为推翻清朝专制统治，追述到“一二八”淞沪抗战和“一二一”昆明惨案。指出，这些运动都是挽救国家和民族危亡的斗争。现在国家又处在“极度危险的时候”，我们要用“一二八”民族抗战的精神，救起这个垂危的国家。“团结全国民众，来努力实现民主；那么，国家才可以真正脱离帝国主义的支配而独立，民族可以免于被奴隶的待遇乃至被消灭，一而得到永久的生存和繁盛。”（注2）
二月九日，上海反动当局制造了震惊中外的劝工大楼血案。早自杭战胜利后，美帝国主义大量向中国倾销剩余物资，致使中国民族工业奄奄待毙，广大职工陷人失业、贫困、饥饿的境地。上海市百货业职工，对此忍无可忍，三区百货业工会，在中共上海地下组织的领导下，决定发起“爱用国货，抵制美货”运动。二月九日，在南京路劝工大楼召开成立大会，与会者四、五百人。大会刚开始，一群国民党特务、暴徒冲入会场，他们手持凶器，逢人便打，遇物即毁。永安公司职工梁仁达当场被拳打脚踢致死，百余人被打得头破血流，参加大会的郭沫若、邓初民等也险遭不测。惨案发生后，马叙伦领导中国民主促进会立即与上海各人民团体组成“二九惨案后援会”，他和王绍鏊及沈钧儒等五人被推举为后援会主席团成员。在马叙伦主持下，中国民主促进会发表了《为“二九”惨案宣言》，声援百货业职工，要求上海市政当局彻查凶手，抚恤死者遗族。十五日，“二九惨案后援会”招待上海各界及新闻记者，报告“二九惨案”真相。加拿大文幼章教授代表国际友人讲话后，马叙伦在会上发表了演说，声明要把本案的是非辩明白，并要求彻底保障人权。
“二九惨案”后不久，三月二日，北平反动当局出动了大批军警，大肆搜查学生和进步人士，两千多人遭逮捕，白色恐怖笼罩全城。马叙伦立即主持召开民主促进会理事会，决定发表宣言，向反动当局提出抗议。宣言要求迅速释放一切无辜被捕同胞，停止一切侵害人权自由的暴行，并表示全力声援各地受难同胞，团结各地争取人权自由的力量，扩大人民求生的自卫运动。马叙伦还发表《人权保障与保障人权》专文，疾呼：我们有做人的权利，号召团结各方力量，争取人权，保障人权。
烈火炼真金。在激烈的斗争中，民主和反民主的阵线也越来越分明。
民主同盟中央委员张东荪在文汇报上公开刊登《所望第三方面者》。施复亮也在同报上鼓吹《第三方面的组织问题》。他们主张有一个“第三方面力量”，包括所有中间阶层和中间党派；而“民盟应成为一切‘第三方面’的党派和人士协力推动民主运动的公共组织”，“居于国共之间”，“取得举足轻重的独立地位。”
马叙伦早在两个月之前，即曾与一批民主党派的领导人磋商，并提出，不应该再出现“第三方面”。现在，他将自己的主张公布于报，连续在《群众》等杂志上发表《论第三方面与民主阵线》、（注3）《再论第三方面与民主阵线并质民主同盟》（注4）等数篇文章，严肃指出：“争取民主的眼前阶段上，只有民主和反民主两方面，不容许有第三方面。”“凡是中国人民，都该站在争民主方面。”“把中国民众分成断绝的三个集团，国、共和民盟各统领了一个，三角式的对立起来”，“必增加一重纠纷，分散了民主力量。”
他强调指出：目前反民主的正在用巧妙的手段或硬或软地欺骗或强制来和缓民主斗争，以维持独裁政权。我们该坚定立场，明白没有调停两可的余地，只有勇往直前，以斗争解决我们的生存问题。他还指出：“唯一该建立一个民主统一阵线，团结全国民主的力量，这是和反民主斗争必然的紧急需要的办法。”“在这个时候组党，是不识时务的，或者是被人利用的。”“或者是帮助反民主的忙的奸细，是我们的敌人，我们不愿意再有这种事实出现，而且不愿意在民主斗争里再听到这个名词。”
他最后宣布，民主促进会是不会参加“第三方面”的。中国共产党是“民主阵线有力的前锋部队”。
马叙伦坚信：中国民主革命的大业只有依靠共产党领导下的工农群众来完成。写诗赠给正在交通大学读书的幼子，示意其要到工农中，到共产党领导的解放区去。诗云：
“烟火偏争赤日明，鸺鹠当昼肆
初期。每闻盗跖谈仁义，为学夷吾止甲兵。
万里磷燃疑纵火，千家巷哭欲崩城。
逃秦只是书生事，大业终期在耦耕。”（注5）
后来，他的幼子转经香港回到解放区，参加了人民空军建设工作。在台湾从事技术工作的次子，也接到他的信，在全国解放前夕，回来参加革命工作。马叙伦对其余子女也都作了嘱咐，期望他们为新中国贡献力量。
一九四七年底，蒋介石国民党更加紧迫害民主进步人士。党对这一情况，极为关切。根据继续斗争的需要，在周恩来亲自指示下，安排马叙伦等爱国民主人士转移至香港。上海地下党对马叙伦转移经过的路线、船只、时间、护送人员等都做了周密布置。当亲属避开特务监视，将马叙伦送上停舶在黄浦江中的一艘德国货轮上时，马叙伦深情地说：“天快亮了！”双方会意地笑了。
马叙伦到达香港后，受到热烈欢迎。一九四八年一月二日，在港民主党派及文化界人士柳亚子、沈钧儒、彭泽民、谭平山、陈劭先、朱蕴山、王绍鏊、陈其尤、方方等，百多人，在金陵大酒家举行团拜典礼，并欢迎马叙伦自沪来港。异地相逢，倍加亲切。
马叙伦在港积极投人战斗，并发表文章，号召“做中国人该勇敢地迎接大革命！”他分析了鸦片战争后，太平天国、戊戌维新运动、辛亥革命等的历史教训，提出，这些斗争由于他们的阶级局限性，都失败了，未能改造中国。中国必须进行大革命，从资本帝国主义和独裁政权“双重压迫底下把绝大多数的人民，包括工农阶级和小资产阶级及其他被压迫的都解放出来。”“真正由人民自力更生，建立新的经济基础，稳定国际地位，……那么骐骥一跃而致千里。”他接着指出；“为了铲除人民解放的障碍而使用武力，这种武力是人民自己的力量组织起来的，人民由觉悟而采取解救的方法，由团结而产生力量，去实现解放，武力是他们力量表现的一种。（注6）
以后，他还连续发表了《从“正名”说到民主国家的叛逆》、《为台湾二月革命周年》、《我们该大踏步前进》、《辛亥革命的追忆》、《台湾耻政纪念三周年》等文章。严厉谴责蒋介石集团祸国殃民的罪恶，赞扬中国共产党是一个有主义的，为解放绝大多数的工农民众而有武力的集团，是工农民众的救星，是为国家人民而斗争的先锋集团。
文章表达了人民心底的呼声。
他和王绍鏊、徐伯昕考虑到当时在港民进会员不多，遂与李济深、沈钧儒、章伯钧、郭沫若、马寅初等民主人士联系，经常以星期聚餐会的方式，座谈国内形势，商讨斗争策略。后来去港的民进会员逐渐增多，又在港发展了组织，根据斗争需要，成立了港九分会，民进的活动在香港逐渐开展起来。
民进领导成员会议，以及形势座谈会等常常在马叙伦家中举行。有时请胡乔木等共产党人到会报告国内外形势，明确斗争任务。
马叙伦还积极出席中共香港分局召开的双周座谈会。参加会的有各民主党派领导人和著名无党派人士。会上，潘汉年、夏衍、许涤新、方方等经常传达党的方针政策、斗争策略以及国内斗争情况。马叙伦倍受鼓舞，贡献智慧，并领导民进组织，配合党的斗争任务，积极工作。
当党需要将许广平从上海转移到香港时，马叙伦巧妙地在信中写了：“急需一位大姐工作”，及时通知到了本人。为了保证安全，他还对接送人员当面做了交代。一九四八年秋，许广平在有关方面的帮助和配合下，安全抵港。
随着解放战争节节胜利，各大中城市相继解放，需要大量干部去开辟工作。在一次双周座谈会上，党希望民主人士利用各种合法身分，通过安全渠道，帮助输送一批干部到解放区。马叙伦考虑到，民进会员中有工商业者，他们可以职业为掩护，出入香港和解放区。于是会后，便向经常往返沪港之间的会员吴企尧等，认真地布置了这一工作。吴企尧等刊用租借外轮进行贸易的机会，护送了三名地下的青年共产党员，经朝鲜到达东北解放区参加工作。同时还带去了一些印书的纸型，支援了解放区的文化出版工作。他们到解放区后，受到中共统战部门领导同志的热情接待。建国后，护送的人员才知道这三名干部是北京地图出版社社长沈静芷、重庆新华书店经理杨文屏、北京中华书局出版部主任华昌泗。
在广大人民的大力支持下，解放战争不断取得胜利，早在一九四六年十月，巳转入全国规模的进攻。
杜鲁门政府预感到他所支持的蒋介石政权有被摧毁之危，便玩弄花招帮助蒋介石政府布置最后防线，还提供经费五亿七千万美元。与此同时，又不断地放出和平烟幕，高唱：“中国必须做的第一件事，是将你们的内战停止。”借以帮助蒋介石政权苟延残喘，以便东山再起。
马叙伦撰文，进行揭露和驳斥说：“我们这些曾呼吁过反对内战的人，……过去想由和平方法得到民主的梦想，已经被南京政权自己给我们提醒而消灭得干净了。”“南京政权不消灭，绝没有真正的现代化民主政府实现之可能，也没有和平的希望。”
接着指出：“中国内战的延长，根本就是美国在支持着。”“现在蒋介石政权‘已是一个困兽’，但他有美帝国主义者要他做工具，而正加紧援助他。”他正告美国：“我们中国人民……决不会被花言巧语欺骗。……多谢你的帮忙，你要是不听我们的话，会越帮越忙。还得告诉你，你的那件工具，是不可雕的朽木，他快坏了，你扶也扶不起的，不要做亏本生意吧！”（注7）
四月二十六日，马叙伦又领导民进发表宣言，否认在美帝国主义支持下，国民党操纵选举产生的伪总统和伪国大的一切决议等，庄严宣告：“不但要消灭南京独裁政权，”“还要把……美帝国主义的恶势力逐出……”并和在港的各民主党派联合作战，支援国内各地反内战、反饥饿、反迫害的斗争；在国际上，他们联合致函英国民主远东政策委员会，感谢该组织反对美国对华政策；又致函联合国，否认国民党的代表团作为中国人民的代表等，联合作战取得了很大的成果，在国际上也有一定的影响。
一九四八年，在解放战争迅速发展的形势下，中国共产党发表了《五一口号》，提出了：全国人民团结起来，巩固与扩大反对帝国主义、封建主义、官僚资本主义的统一战线，为着打倒蒋介石建立新中国而奋斗的神圣任务，建议各民主党派、各人民团体、各社会贤达迅速召开政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，成立人民民主联合政府。《五一口号》是中国共产党关于当时形势和任务的纲领性文件。
马叙伦从广播中听到后，感到无限的兴奋。他说：除反动派以外，都延颈企踵，希望即刻看到全文。因为这些口号，“给新中国前途带来无限的喜慰。”当读了《五一口号》后，他立即写了《读了中共“五一口号”以后》。深有体会地说：“这次的口号，是历史上重要的文献，转捩时局的曙钟。”指出：全国人民一致在期望着人民自己的民主政权早一日成立，期望着真正的人民革命的领导者——中国共产党给以启示，现在实现了。又说：《五一口号》是对独裁政权下了另一个方式的讨伐令，它震撼了反动的独裁政权和他的集团的魂魄，等于一篇胜利的“檄文”。
文中，还对参加政协的党派标准，提出了自己的看法，认为应该是“一贯主张民主，而且有工作的表现，有群众的拥护，可以代表全国性的政治团体。”而参加政协的人民团体和社会贤达，都得是为民主而奋斗的。
对口号中的实行土地改革一条，他极为赞成，认为：“农工是经济建设的一对轮子……社会的活泼生存和进展、命脉，就在这一对轮子上。”
中共香港分局还特地组织了座谈会，讨论有关新政协召开的若干问题。马叙伦和李济深、沈钧儒、郭沫若、王绍鏊、谭平山、茅盾等出席了会议。马叙伦畅谈了对建立新中国的各种设想，表示要为新政协的早日召开贡献力量。
五月五日，马叙伦和在香港的各民主党派、无党派民主人士，通电表示：《五一口号》是“适合人民时势之要求，尤符同人等之本旨”，决心“共同策进，完成大业”。（注8）同时还通电国内外各报馆，各团体并转全国同胞，指出“五一”号召，“事关国家民族前途，至为重要”，呼吁全国人民积极响应，“迅速集中意志，研讨办法，以期根绝反动派，实现民主。”（注9）
在筹备新政治协商会议的活动中，马叙伦和民进其他领导人，在香港进行了大量的、积极的工作。他们根据星期座谈会的要求，先期讨论了新政协召开的时间、地点、召集人及代表资格等。大家提出新政协应在解放区以及关内有安全保障的地点召开；一致认为召集人“当然由中共担任”，“可由各党派授权中共召集之”；对于代表资格，主张不论民主党派、人民团体或社会贤达，都必须以其对现阶段民主运动的实际态度和贡献为原则。这些意见在各党派联合的星期座谈会上得到了一致的赞同，成为各党派的共同意见。马叙伦还领导民进在港理事会，经讨论通过了《中国民主促进会拟提出于政治协商会议之行动公约及政治纲领》，此文件的基本精神与后来一九四九年全国政治协商会议通过的共同纲领是一致的。
马叙伦还就筹备新政协以及迎接上海解放等工作，与在沪的陈叔通，以假名密信多次交换意见，从中传达了党关于召开新政协的方针政策等，为迎接新中国的诞生做出了多方面的贡献。
解放战争节节胜利，为及早召开新政治协商会议，成立民主联合政府，在中国共产党的倡导和保护下，各民主党派的代表和民主人士从一九四八年八月起，陆续进人解放区。
当时情况很复杂，接送民主人士的工作异常艰巨。为保证安全，地下党做了周密安排。马叙伦是与郭沫若、许广平母子等在十一月二十三日夜晚，乘坐有天马标记、挂葡萄牙旗的华中轮离开香港北上的，党派连贯陪同，还派了专门工作人员随船护送。行前每人发了一枚金戒指以备不测。二十五日，船经台湾海峡遇季候风受阻，大家都有些着急和担心。船过长江口始风平浪息。翌日拂晓，马叙伦即起眺望，须臾日出，霞光照射下的大海，红波万顷，景色异常壮观。他遥思未来，神往解放区，心潮起伏，时与郭沫若、许广平等畅谈新中国，寄予无限希望。为纪念这次有历史意义的远行，他和郭沫若特在船上摄影留念，两位学者神采奕奕，凝视着前方。
在海上，他们从周海婴携带的收音机，收听到新华社播发的沈阳解放消息，舱内顿时沸腾，马叙伦十分高兴。大家作诗、赋词，充满胜利的喜悦。十二月三日，船至大连与安东（今丹东）之间的大王爷岛。四日，马叙伦和郭沫若、翦伯赞、陈其尤、许广平、冯裕芳、侯外卢、沈志远、丘哲、宦乡、许宝驹、曹孟君连贯、周海婴等一行十四人愉快地登岸，中共中央东北局特派负责同志前来迎接。虽时值严寒季节，冷风刺面，但人们的心火一样的热，呼吸着清新的空气，精神倍增。马叙伦第一次踏上东北国土，看到北方壮丽的景色，忆起为之解放的奋斗，感到一切都美好，心旷神恰。
当天，他与郭沫若等改乘小船至安东，受到安东人民的热烈欢迎。安东省主席刘澜波亲切地接待了他们。马叙伦激情满怀，六日，赋诗一首，题为《发香港北行赴政治协商会议》，并亲手笔书赠刘澜波同志，诗云：“南来将岁晚，北去夜登程，知妇垂离泪，闻儿索父声，戎马怜人苦，风涛壮我行，何为此彶彶，有凤在歧鸣，人民争解放。血汗岂无酬，耕者亡秦族，商人断莽头，百郭传书定，千猷借箸筹，群贤非易聚，庄重达神州。”（注10）刘澜波一直珍存着。
马叙伦与郭沫若等后又在中共中央东北局负责同志陪同下，从安东启程乘汽车到达解放不久的沈阳，又曾至哈尔滨、长春、小丰满等地参观。他看到解放区欣欣向荣的景象，亲身感受到解放了的中国人民当家做主的欢乐和骄傲！抚今忆昔，感慨万千，胜利来之不易，只有共产党才能救中国。